Na základě institucionální akreditace získané v roce 2018 Masarykova univerzita nejen samostatně uděluje oprávnění uskutečňovat studijní program, ale také provádí pravidelné hodnocení již existujících studijních programů s cílem kontinuálního zvyšování kvality. V rámci své samosprávné působnosti Masarykova univerzita v souladu se zákonem o vysokých školách implementovala komplexní vnitřní systém zajišťování a hodnocení kvality studijních programů, který sestává ze souboru vzájemně provázaných principů, pravidel a postupů, jejichž cílem je zajistit dosahování vynikajících výsledků a soustavné zlepšování kvality vzdělávací, tvůrčí a s nimi souvisejících činností MU.
Pravidla systému zajišťování a vnitřního hodnocení kvality vzdělávací, tvůrčí a s nimi souvisejících činností na MU jsou vymezena zejména vnitřním předpisem Schvalování, řízení a hodnocení kvality studijních programů MU. Systém zajišťování kvality je založen na úzké spolupráci na úrovni univerzity, jednotlivých fakult, garantek a garantů studijních programů a akademických pracovníků, ale také studujících, absolventů a jejich zaměstnavatelů.
Garantem celého systému zajišťování a hodnocení kvality Masarykovy univerzity je Rada pro vnitřní hodnocení, podpůrné zázemí pro rozvoj systému zajišťování kvality vytváří Odbor pro kvalitu MU. Na úrovni fakult pak působí síť koordinátorů pro kvalitu, která poskytuje administrativní podporu procesů souvisejících se zajišťováním a hodnocením kvality na MU. Fakultní koordinátoři pro kvalitu úzce spolupracují s garanty studijních programů, kteří odpovídají za kvalitu studijního programu, jeho pravidelné hodnocení a rozvoj. Poradním orgánem garanta studijního programu je programová rada, složená ze zástupců vyučujících a studujících v daném studijním programu, ale také externích členů zastupujících instituce zaměstnávající absolventy studijního programu. U doktorských studijních programů plní tuto funkci oborová rada, jejíž složení tvoří mimo akademické pracovníky MU také externí členové z jiných vzdělávacích institucí. Do procesů vzniku a hodnocení kvality studijních programů vstupují také externí hodnotitelé, kteří prostřednictvím zpětné vazby, nezaujaté vnější perspektivy a zkušeností z jiných, často zahraničních univerzit přispívají ke zvyšování kvality studijních programů na Masarykově univerzitě.
Mezi procesy zajišťování kvality na Masarykově univerzitě patří:
- procesy související s oprávněním uskutečňovat studijní program
- vznik oprávnění uskutečňovat studijní program
- rozšíření oprávnění uskutečňovat studijní program
- změna oprávnění uskutečňovat studijní program
- prodloužení oprávnění uskutečňovat studijní program
- procesy vnitřního hodnocení studijních programů
- roční, tzv. malé vnitřní hodnocení studijního programu
- velké vnitřní hodnocení studijního programu
- procesy nápravných opatření při nedostatcích v uskutečňování studijního programu
